Wahrscheinlich wurde danach erneut auf "Bestellungen abgleichen" geklickt, oder der automatische Abgleich lief im Modus mit Bestellabgleich.

Bei jedem Abgleich bewertet die App alle Zahlungen neu, die noch nicht gebucht sind.
Das schließt manuell zugeordnete Zahlungen ein. Steht die Bestellnummer nicht im Verwendungszweck (und das ist ja meist der Grund für eine manuelle Zuordnung), findet die App keine Bestellung und setzt die Zeile zurück.

So vermeiden Sie das:

Weg A: manuelle Zuordnungen sofort buchen

Ordnen Sie zu und buchen Sie direkt danach über den Euro-Button, bevor jemand erneut abgleicht. Gebuchte Zahlungen fasst der Abgleich nicht mehr an.

Weg B: manuelle Zuordnungen über den Block auf der Bestellseite vornehmen

Zuordnungen über den Block werden sofort gebucht und sind deshalb vor einem erneuten Abgleich geschützt (siehe Frage 1, Weg B).

Hinweis:

Arbeiten mehrere Personen mit der App, sprechen Sie sich ab, wer wann auf "Bestellungen abgleichen" klickt. Prüfen Sie außerdem, ob der automatische Abgleich im Modus mit Bestellabgleich läuft.